《指导意见》指出，中医药重点学科建设要进一步完善中医药学科体系，促进中医药学科的整体优化；要围绕推动中医药学术发展，凝炼学科发展方向，在本学科的核心理论、关键技术的研究和创新方面有所贡献，取得标志性成果，形成若干个能立足中医药学术发展前沿的知识创新和技术创新基地；要通过中医药重点学科建设，不断增强中医药学科竞争力和中医药服务能力，形成集科学研究、人才培养、医疗服务、产业发展、学术交流为一体的综合集成平台；形成优秀的中医药人才团队和学术团队。
《指导意见》指出，中医药重点学科建设的工作思路为 政府规划，专家指导，单位建设，团队实施，属地管理 。国家中医药管理局负责制定中医药重点学科建设总体规划；充分发挥国家中医药管理局中医药重点学科建设专家委员会的作用；中医药重点学科所在单位要研究和解决中医药重点学科建设工作中的主要问题；按照重点学科建设要求，遴选学科带头人，打造学术团队，培养学术队伍；省级中医药管理部门负责本地区国家中医药管理局中医药重点学科的统筹建设和管理，多渠道筹措本地区配套建设资金。
