神舟七号飞行是一次前所未有的挑战，空间运动病、减压病、体力耐力下降是这次任务中的3大医学防护难题，中国航天员中心航天员医监医保研究室主任李勇枝披露了他们的应对措施。
空间运动病受太空环境因素的影响，航天员可能出现失去方位感、头晕、呕吐、恶心等症状，严重时将无法出舱。出舱过程中如果发病，呕吐物一旦堵塞舱外航天服的管道，可能导致非常危险的后果。
航天飞行前3天是空间运动病高发期，发病率达到50％。而神七航天员飞行总天数为3天，因此空间运动病是神七航天员防护的重中之重。
首先，神七航天员的训练中，加强了前庭功能的选拔训练，通过地面训练来提高对空间环境的耐受能力。
第二是药物方法。除了国际上通用的防治空间运动病的西药，我国还特别研发了提高心血管能力和空间适应能力的中药，并第一次带上了太空。航天员从飞行之前8小时开始服药，按照一日3次的剂量进行预防，在出舱阶段还使用针剂注射。
与神六飞行相比，神七的抗运动病药物进行了改进：口服片剂更新为口腔速崩片，不用水就能吃。注射针剂则采用预充式，药液事先已经装好，航天员可以自己注射，也可以互相注射。
减压病从发射升空到穿上舱外航天服执行出舱任务，航天员所处的大气环境将在短时间内急剧变化，航天员可能出现关节疼痛，严重时可能引起头疼、呼吸紊乱甚至意识丧失等减压病。
最有效的防治办法是吸氧排氮。航天员在进入舱外服之前，需要把体内多余的氮气排出，用氧气代替它。这样，当体内的气体因外界压力低而向外溢出时，人体就不会因为氮气的溢出而产生皮肤发痒、关节疼痛等不适反应。
体力耐力下降神七出舱活动对体力要求很高 虽然太空行走只有约30分钟，但出舱前航天服的调试、组装、训练等很复杂，航天员得连续工作十几个小时。此外，航天器加速上升和减速返回时，重力变化对航天员的耐力构成了极大的考验。体力耐力如果严重下降，可能导致返回地面时无法站立。
提高体力和立位耐力采用了三重措施：地面上加强体质训练，上天前服用提高体能和心血管调节功能的中医药，飞行期间喝具有电解质补充功能的饮料以缓解疲劳。这些措施一方面能改善心血管功能，从而提高心血管储备，另一方面，对心血管的顺应性也进行了提高。
